«Грисайя: Призрачный спуск» — это напряжённое аниме, в котором борьба за выживание, вопросы морали и личные драмы переплетаются в опасном мире шпионских операций и террористических угроз. В основе сюжета лежит трагический инцидент, произошедший из-за ошибки Хита Осло, в результате которого была рассекречена американо-японская антитеррористическая организация CIRS. Несмотря на разрушение прежних структур, власти решают сохранить её функции, создав новое агентство — SORD. Это агентство становится основным центром подготовки новых специалистов, которые должны противостоять угрозам будущего. Чтобы обучать таких специалистов, SORD открывает несколько школ по всей Японии, включая Академию Михама. Эта академия, которая после своего закрытия получила шанс на перерождение, становится ключевым элементом системы подготовки оперативников нового поколения. Здесь учат не только теории и основам безопасности, но и боевым навыкам, тактическому мышлению и способности действовать в самых экстремальных ситуациях. В отличие от обычных учебных заведений, в Академии Михама учат быть живыми оружиями, которые будут действовать в рамках внесудебных миссий, где мораль и законы остаются в тени. Академия теперь принимает в свои ряды девушек, многие из которых стали «неудачницами» в традиционном обществе, но обладают уникальными способностями, которые делают их идеальными кандидатами для работы в SORD. Эти девушки, несмотря на свою кажущуюся уязвимость и нежелание следовать нормам общества, подвергаются интенсивному обучению, оттачивая свои навыки с оружием и боевыми патронами. Каждый день они рискуют своей жизнью, погружаясь в опасные задания, выполняя их на благо государства.